Avaruussukkula Atlantis telakoituneena Mir-asemaan STS-71 -lennolla. Kuvan otti Mir EO-19 -lennon miehistö, joka teki pienen kierroksen Sojuz TM-21 -aluksellaan aseman ympäri oikeastaan vain kuvien ottamisen vuoksi.
Kun viimeinen sukkula lähti asemalta kesäkuussa 1998, alettiin asemaa valmistella jo loppua varten. Tarkoitus oli pudottaa suurikokoinen asema hallitusti kiertoradaltaan harvasti asutun ja vähän liikennöidyn eteläisen Tyynen valtameren päällä, jolloin siitä ei koituisi kenellekään harmia.
Vaara siitä, että hylätty asema rikkoontuisi ja putoaisi ilman kontrollia mihin tahansa maapallolla, oli suuri, joten pudottaminen päätettiin tehdä mahdollisimman pian hallitusti.
Tuolloin aikomuksena oli pudottaa Mir kesällä 1999. Kun uuden Kansainvälisen avaruusaseman ensimmäinen moduuli, huoltomoduuli Zaria, laukaistiin avaruuteen marraskuussa 1998, olivat ISS ja Mir periaatteessa samanaikaisesti avaruudessa muutaman vuoden ajan.
Kansainvälisen avaruusaseman laajentaminen kuitenkin viivästyi, joten monet ehdottivat Mirin käytön jatkamista. Siihen ei kuitenkaan ollut rahaa, joten asema valmisteltiin lopulta tuhoon alkuvuodesta 1999.
Pudotusta kuitenkin päätettiin lykätä puolella vuodella, koska useat tahot länsimaissa olivat alkaneet kerätä rahoitusta aseman muuttamiseksi avaruusturistien käyttöön, elokuvien tekemiseen ja moneen muuhun tarkoitukseen. Rahaa ei kuitenkaan löytynyt tarpeeksi, joten Venäjä päätti viimein tuhota aseman.
Kosmonautit poistuivat sieltä elokuussa 1999, aseman päätietokone sammutettiin syyskuussa ja asemaan telakoitu Progress M-42 -avaruusrahtialus jätettiin pitämään huolta aseman asennonsäädöstä ja kiertoradan madaltamisesta.
Sitten käynnistyi uusi rahoituskuvio uuden MirCorp-yhtiön toimesta. Se onnistui keräämään varoja ensin sen verran, että keväällä 2000 asemalle lähetettiin kaksi kosmonauttia tekemään korjauksia ja tutkimaan mahdollisuuksia aseman ottamiseksi uudelleen käyttöön. Se osoittautui sen verran kalliiksi ja hankalaksi, että ilman julkista rahaa Mirin pitäminen toiminnassa olisi ollut kannattamatonta.
Siksipä viimein maaliskuussa 2001 aseman tuhoaminen tapahtui.
Se tehtiin uuden asemaan liitetyn Progress-rahtarin, lisäpolttoainetankein varustetun M1-5:n voimin. Progressin rakettimoottorilla tehtiin kolme tarkasti suunniteltua polttoa, joilla rataa laskettiin alaspäin ja nopeutta hidastettiin siten, että viimeinen poltto sysäsi aseman lopulliseen syöksyyn kohti Maata.
Siinä rahtarin kaikki ohjausrakettimoottorit sekä päämoottori jarruttivat vauhtia 22 minuutin ajan.
Mir putosi varsin jyrkässä kulmassa alaspäin ja osui ilmakehän yläosiin klo 7:44 Suomen aikaa Fiji-saarten luona. Asema alkoi hajota osiin ilmakehän kitkakuumennuksen vuoksi klo 7:52 ja kitkan tulipätsistä selvinneet osat putosivat mereen noin klo 8.
