Jupiteriin saapumisen aikaan kaikki tutkimuslaitteet oli kytketty turvallisuussyistä pois päältä, koska Jupiterin voimakas magneettikenttä olisi voinut vaurioittaa niitä ja luotaimen haluttiin keskittyvän täysin ratamuutokseen.

Sen jälkeen kamerat ja muut tutkimuslaitteet on laitettu jälleen päälle, ja elokuun 27. päivänä tapahtuvan lähiohituksen aikaan ne kaikki toimivat täydellä teholla. Silloin onkin luvassa huikeita, ennätyksellisen läheltä otettuja kuvia ja mittaustietoja.

Junon etäisyys tuolloin on vain 4200 kilometriä Jupiterin pilvikerroksesta.

Luotain tekee vielä toisen samanlaisen lähiohituksen lokakuun 19. päivänä, mutta silloin se ei tee juurikaan havaintoja, vaan muuttaa rataansa lopulliseksi 22 minuuttia kestävällä rakettimoottorin poltolla. Muutaman ratakorjauksen jälkeen Juno on tuolla lopullisella radallaan 16. marraskuuta, minkä jälkeen sen edessä on 20 kuukautta (37 kierrosta) kestävä hektinen työrupeama ennen kuin 20. helmikuuta 2018 luotainta aletaan hivuttaa syöksymään alas Jupiteriin.