Koe suoritettiin Mars-alusta muistuttavassa laboratoriossa, jossa miehistö oli eli ja toimi aivan kuten matkalla Marsiin: he olivat yhteydessä ulkomaailmaan vain sähköisesti, ja sitenkin viivästettynä samaan tapaan kuin lennolla Marsiin tapahtuisi.

Tarkalleen ottaen avaruuslentosimulaation eristysvaihe alkoi 3. kesäkuuta 2010 ja päättyi 4. marraskuuta 2011. Marsiin miehistö "saapui" 1. helmikuuta 2011, jolloin miehistö jakautui kahdeen kolmihenkiseen ryhmään, joista toinen jäi alukseen kiertoradalla ja toinen "laskeutui" Marsin pinnalle.

Tarkalleen ottaen Mar500-koe kesti 520 vuorokautta, joskin kokonaisuudessaan kokeen vaatima aika oli lähes tuplasti: siihen valmistautuminen, miehistön valitseminen sekä kouluttaminen ja simulaation jälkeen tehdyt lääketieteelliste kokeet veivät runsaasti aikaan ennen ja jälkeen eristysvaiheen.

Olennaisinta miehistön kannalta oli siis se, että kuusikko oli kokeen aikana täysin eristyksissä.

Koelaitoksen luukkua ei avattu välillä, ja heillä oli mukanaan kaikki puolentoista vuoden aikana tarvitut varusteet ja ruoka. Ainoa, mitä ei voitu simuloida kunnolla, oli painottomuus, ja esimerkiksi oikeat laukaisut avaruuteen, asettuminen Marsin kiertoradalle, laskeutuminen sinne ja lähtö takaisin kohti Maata. 

Koehenkilöinä oli kolme venäläistä, kaksi eurooppalaista ja yksi kiinalainen, jotka oli valittu mukaan pitkällisen karsinnan perusteella. Edellisten, tosin paljon lyhyempien eristyskokeiden perusteella oli opittu, että eräs olennaisimmista asioista oli miehistön kokoaminen: miten sopivat henkilöt täydentävät toisiaan, eivätkä ala ajan myötä ärsyttämään toisiaan. 

Tässä Mars500 onnistui erinomaisesti, kuten tämä miehistön Euroopan avaruusjärjestön kustantamien eurooppalaisjäsenten, italialaiskolumbialaisen Diego Urbinan ja ranskalaisen Romain Charlesin lähettämistä videopäiväkirjoista koottu video näyttää. Miehistö tuli hyvin toimeen keskenään ja pystyi reagoimaan tiiminä hyvin simuloituihin hätätilanteisiinkin.

Videota katsoessa voi myös huomata kooltaan "avaruusaluksen" puisen sisustuksen. Mars-alus ei tule varmasti olemaan hirsistä tehty, mutta venäläisten psykologien mukaan puinen sisustus aluksessa saattaisi olla hyvä asia, koska se rauhoittaa ja tuo muistoja Maasta. Heidän mukaansa tärkeää on se, että kyseessä on oikea puu tuoksuineen kaikkineen. Tämä tuntuu äkkiseltään oudolta, mutta ainakin Mars500-kokeessa tästä(kin) saatiin hyviä kokemuksia.

Mars500:n tärkein saavutus olikin se, että simuloitu lento onnistui. Se näytti, että Mars-lennon suurin ongelma ei ole tekninen, vaan se on yksinkertaisesti ihminen – ja sopivalla valmistautumisella ihminenkin kestää hyvin matkan punaiselle planeetalle ja takaisin.

Enemmän kokeesta on tietoa ESAn Mars500-sivulla.