Konserttiflyygelin kokoinen, ydinparistolla toimiva New Horizons asetti itsensä automaattisesti niin sanottuun varotilaan torstaina, kun sen tietokoneet eivät kyenneet toteuttamaan normaalisti sille lähetettyjä käskyjä.
Varotilassa avaruusalus sammuttaa kaikki ylimääräiset alijärjestelmät, suuntaa antenninsa kohti Maata ja jää odottamaan ohjeita lennonjohdosta.
Näin kävi nytkin, ja Johns Hopkins -yliopiston sovelletun fysiikan laitoksella oleva lennonjohto lähetti heti tilanteen huomaamisen jälkeen luotaimelle uudet käskyt, joilla se saatiin pois varotilasta ja aloittamaan normaalitoimintaan palaamista.
Yhteydenpitoa luotaimen kanssa haittaa sen suuri etäisyys, sillä radiosignaalilta kestää kulkea Maasta luotaimeen 10,5 tuntia – ja vastaukselta saman verran takaisin.