Suurin ja komein museoista on Etelä-Afrikan kansallinen museo, eli Iziko South African Museum.
Iziko on itse asiassa organisaatio, joka ylläpitää nykyisin useita museoita Kapkaupungissa, mutta sen keskuspaikka ja suurin yksittäinen museo on aivan kaupungin keskustassa oleva luonnonhistorian museo. Se on maan vanhin museo, sillä se perustettiin jo vuonna 1825 ja on ollut vuodesta 1897 nykyisessä paikassaan Company’s Garden -puiston päässä.
Nelikerroksinen museo pitää sisällään eläimien ja kasvien lisäksi paleontologiaa ja arkeologiaa.
Heti sisäänkäynnin jälkeen museokierroksen alussa esitellään afrikkalaista esihistoriaa. Ihmisen juuret ovat Afrikassa, joten ihmisjälkiä on löydetty Etelä-Afrikastakin hyvin pitkältä ajalta. Näyttely käy näitä läpi esineiden ja dioraamojen avulla, ja päätyy yhä edelleen Afrikan eteläosissa eläviin alkuperäkansoihin.
Tämä osa näyttelyn tästä osasta on ollut vuosien varrella varsin suuren keskustelun ja intohimojenkin kohteena, sillä alun perin osastossa oli hyvin siirtomaavaltainen sävy ja sitä seurasi apartheidin vaikuttama tyyli, jotka on nyttemmin jopa huomiota herättävän korrektiksi.
Olennainen osa alkuperäistä esineistöä on peräisin 1900-luvun alusta, jolloin museon johtajana oli Louis Péringuey. Hänen ajallaan tehtiin paljon etnografista tutkimusta, mutta myös hänen museoon rakennettiin suuria dioraamoja, joissa esiteltiin alkuperäiskansoja, bushmanneja, varsin nöyryyttävästi ja rasistisesti. Niihin lisättiin vuosien varrella selityksiä ja kuvia, mutta suurin osa niistä suljettiin 2000-luvun alussa ja korvattiin nykyisellä näyttelyllä.
